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La filtrazione del reef combina diversi approcci per mantenere un'acqua stabile e povera di nutrienti: filtrazione meccanica (spugne, calze, rotoli) per intrappolare le particelle, filtrazione biologica (rocce vive, supporti batterici) per trasformare ammonio/nitriti, ed esportazione (schiumatoio, rifugio per macroalghe, cambi d'acqua) per rimuovere una parte dei composti organici prima che si degradino.
Dal punto di vista storico, il reef moderno si è fortemente strutturato attorno al metodo berlinese, sviluppato dal club acquariofilo di Berlino: rocce vive + schiumatoio come pilastri, con sabbia opzionale. Questo approccio ha accelerato la manutenzione dei coralli duri e rimane una base ampiamente utilizzata.
In aggiunta, il rifugio (spesso in decantazione) è diventato popolare come soluzione naturale di esportazione tramite coltivazione e raccolta di macroalghe, offrendo al contempo una zona di microfauna utile al bac principale.
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